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使用MaxQuant对蛋白质组学进行搜库分析的步骤如下
1. 下载软件进入官网http://maxquant.org，选择MaxQuant软件，解压后无需安装，点击MaxQuant.exe即可使用
2. 下载待搜库物种蛋白质序列以下载人类蛋白组序列为例：打开UniProt网站，选择Taxonomy 》human。点击taxid 9606。选择View proteomes中的Reference proteomes。点击该数据库含有的蛋白数目82485。点击左上角旁山悉的Reviewed (Swiss - Prot)，它是Reviewed，即人工审阅，归属于UniProt下的Swiss - Prot数据库，选中后点击右侧的Download即可
3. 使用MaxQuant（示例软件版本：MaxQuant_2.4.7.0）MaxQuant对蛋白质序列数据库fasta文件中的蛋白质序列进行模拟酶切和碎裂，将蛋白质序列信息转换为理论谱图数据。通过将理论谱图数据与实际采集到的原始谱图数据进行比对打分，实现搜库的过程
3.1 导入数据Load：导入质谱数据，主要原始数据格式有.raw (Thermo公司)、.d (Bruker公司)、.WIFF和.wiff.scan (SCIEX公司)等。Set experiment：设置实验组名称，注意如果设置相同的名称，后续搜库时会被合并。若样本数量多时可以像截图中一样直接点击No fractions自动导入0 - 5（Experiment列）的数字，后续可在搜库结果里修改
3.2 设定组特定参数对于常规的非标定量检测，可唯基直接使用软件默认的参数。Type：默认选择Standard，label - free和MS1 - labeled样本选择Standard，习惯的同位素标记标记样本（TMT）选择Reporter ion MS2，同位素标记的MS3质谱选择Reporter ion MS3。Modifications：默认选择固定修饰Carbamidomethyl (C)、可变修饰Oxidation (M)和Acetyl (Protein N - term)。Variable modifications：指并非每个氨基酸都会发生的修饰，如蛋氨酸氧化（Oxidation (M)）可能只发生在某些蛋氨酸上。再比如，只有少数肽的N端会发生乙酰化（Acetyl (Prorein N - term)）。需要注意的是可变修饰会增加in silico肽数据库的容量，进而增加分析时间。Fixed modifications：指特定氨基酸每次出现时都会发生的修饰。这些修饰通常是人为引入的，如蛋白质组学样品制备中防止二硫键重新形成的半胱氨酸的氨基甲酰甲基化，也是该参数的默认值Carbamidomethyl (C)。Digestion：默认选择Specific和Trypsin/P。Max. missed cleavages默认为2。因为准确的裂解特异性等优点，胰蛋白酶在多数自下而上的蛋白质组学实验中都被用作蛋白酶。因此Enzyme默认值为Trypsin/P。胰蛋白酶能裂解精氨酸和赖氨酸C末端的肽段，除非其后有脯氨酸。MaxQuant使用该规则对蛋白质数据库进行in silico裂解。需要修改的参数：Label - free quantification：选择LFQ。Instrument：根据实际质谱检测的仪器选择Instrument type
3.3 设定全局参数Sequence：add导入参考的Human蛋白质序列数据库fasta文件。选中蛋白序列行，点击Identifier file，选中第5个Up to fisrst space，点击ok。可勾选参数及含义：Identification——Match between runs：由于缺失值的存在会削弱生物样本或实验条件之间真实定量差异的能力，Match between runs功能可以改善缺失值问题。PSM FDR：PSM水平的FDR阈值，由TDA计算得出运乎，0.01代表1% FDR。Protein FDR：蛋白质水平的FDR阈值。Site decoy fraction：修饰位点表水平上对饵命中进行过滤。Min. peptides：鉴定一个蛋白质簇所需总肽段数的最小值，并在最终表格中报告。Min. razor + unique peptides：鉴定一个蛋白质簇所需razor + unique肽段数的最小值，并在最终表格中报告。Min. unique peptides：鉴定一个蛋白质簇所需unique肽段数的最小值，并在最终表格中报告。肽会以统计的方式组合成相应的蛋白质，因此主要应根据唯一肽进行判断。可以将参数设为1，即输出表中只报告至少有一个唯一肽的蛋白质。Min. score for unmodified peptides：接受MS2鉴定无修饰肽的最小Andromeda分数。推荐值为0，即除FDR外，没有额外的过滤。Min. score for modified peptides：接受MS2鉴定修饰肽的最小Andromeda分数。默认值为40。除对PSMs应用的FDR外，还需额外过滤。Min. delta score for unmodified peptides：接受MS2鉴定无修饰肽的最小Andromeda delta分数。推荐值为0，即除FDR外，没有额外的过滤。Min. score for modified peptides：接受MS2鉴定修饰肽的最小Andromeda delta分数。默认值为6。除对PSMs应用的FDR外，还需额外过滤。Base FDR calculations on delta score：如果选中，所有FDR计算都将使用delta分数作为输入。delta分数是得分最高的PSM与氨基酸序列不同、得分次之的PSM之间的分数差。Dependent peptides：无偏搜索来自已鉴定肽的修饰肽。Label - free quantification：勾选iBAQ。iBAQ是基于Intensity的强度值，除以该蛋白的理论可被检测的肽段数目计算而来的定量值，主要用于不同蛋白的相互比较
3.4 设置线程数，运行可以根据电脑的cpu数量进行设置
4. 搜库结果文件展示搜库完成后，主要结果在Combined文件夹下的txt子文件夹，包含上图中的文件，常用的文件有蛋白结果信息proteinGroups.txt和肽段结果信息peptides.txt。如果对于结果中的表头信息不太清楚，可查阅tables.pdf文件，其中解释了每个txt结果文件中各个表头的含义。
一、软件安装无需安装，直接下载MSDIAL.exe并双击打开即可在Windows系统下运行。获取软件方法有官网下载或私信公众号获取。
二、打开搜库结果 收到搜库结果后，通过MSDIAL打开工程文件。在软件界面上，查看所有检测到的离子信息，包括鉴定和未鉴定的。选择要查看的样品，双击打开查看。
三、查看单一物质结果筛选二桐樱级匹配的可信度高的物质，首先查看二级匹配结谈旁果。根据兴趣筛选名字、质荷比、保留时间或信噪比、峰面积排序，查看靠前的物质。观察物质的二级谱图及数据库含轮橡的二级谱图，蓝色与红色谱图成镜像时，物质可信度较高。部分物质由于数据库和仪器参数差异，二级匹配可能不完全。
四、查看对齐结果 对所有样品进行对齐处理后，查看对齐结果。对齐结果包含所有样品的相互对齐信息，鉴定到的物质数量和种类会更多。技术重复样品有助于增加鉴定质量和数量。广州如期生物技术有限公司，专注于生物医学领域，提供全面便捷的专业技术服务和产品，包括分子生物学、转录组学、代谢组学、蛋白组学等多个科研平台。公司自2016年成立以来，致力于探索科学、服务客户。拥有自主研发的科研试剂盒，如COIP、CHIP、RIP等，显著降低科研成本。
蛋白质组学数据处理——搜库蛋白质组学数据处理中的搜库是一个关键步骤，它涉及将质谱仪产生的原始数据（raw data）与已知的蛋白质数据库进行比对，以鉴定样品中存在的蛋白质。MaxQuant作为一款强盛的蛋白质组学皮含软件包，其内置的Andromeda搜索引擎能够高效地完成这一任务。以下是使用MaxQuant进行搜库的详尽流程：
一、MaxQuant的下载安装官网链接：MaxQuant（需通过邮箱注册并填写注册码进行下载）软件依赖：.NET Framework（部分电脑可能需要安装）使用方式：解压后无需安装，直接点击MaxQuant.exe即可使用
二、搜库操作步骤上传LC-MS数据打开MaxQuant软件，点击“load”上传数据。选择包含LC-MS数据的文件夹，并选中要分析的数据文件。点击“No fraction”设置实验序号，以便软件能够正确识别和处理数据。参数设置在参数设置界面，根据实验需求设置蛋白质是否有修饰。对于常规无标定量蛋白质组学，一般可以直接使用默认参数。酶切参数设置根据样品处理时使用的酶，汪瞎选择相应的酶切参数。这是确保搜库结果准确性的重要步骤。修改为LFQ（非标定量）在设置界面中，将分析类型修改为LFQ（Label-Free Quantification），以适应非标定量蛋白质组学的需求。同时，可以将instrument项中的“Main search peptide tolerate”修改为10（ppm），以提高搜库的准确性。添加物种的蛋白质数据库从UniProt等数据库下载目标物种的蛋白质数据库文件。在MaxQuant中，选择“Add FASTA file”并上传下载的数据库文件。上传物种蛋白质组学数据库确保数据库文件已正确上传至MaxQuant软件中。注意，数据库可能会随时间更新，因此不同时间点的搜库结果可能会有所差异。设置线程数并开始搜库根据所用电脑的处理器配置，合理设置线程数以提高搜库效率。点击“Start”按钮开始搜库，等待搜库完成。获取搜库结果搜库完成后，MaxQuant会生成一系列结果文件，其中最重要的是proteinGroups.txt文件。该文件包含了搜库得到的蛋白质信息，包括蛋白质ID、序列覆盖度、肽段数量等关键数据。通过以上步骤，我们可以使用MaxQuant软件高效地完成蛋困握空白质组学数据的搜库工作。在实际操作中，可能还需要根据具体实验需求和样品特点进行参数调整和优化，以获得更加准确和可靠的搜库结果。
MaxQuant是蛋白组学中用于质谱数据搜库定量的高效工具，支持非标定量（Label-free）和标记定量（如SILAC、iTRAQ、TMT）技术，其操作流程涵盖软件安装、数据库准备、参数设置及性能优化等关键步骤。
一、软件下载与安装官网获取：访问MaxQuant官方网站下载软件，需通过邮箱注册并填写注册码完成下载。依赖环境：基于.NET Framework开发，未安装的电脑需先安装（参考安装方案：https://www.omicsclass.com/article/2243）。解压后无需习惯安装，直接运行即可使用。
二、非标定量（Label-free）数据搜库非标定量的核心是通过比对质谱数据与蛋白质数据库，实现蛋白的定性与定量分析。数据库准备：从UniProt网站下载目标物种的FASTA格式数据库（如人类蛋白库）：搜索物种名（如“human”）；选择“reviewed”条目（确保数据可靠性）；下载FASTA文件。搜库比对流程：导入数据：点击“load”导入质谱原始数据。文件编号：
